O circuito de Arte Sacra centra-se na antiga Igreja do Colégio, onde a exuberante fachada, a resplandecência do retábulo do altar-mor, bem como, a coleção de azulejos setecentistas assumem-se como um todo, num monumento ímpar de criação barroca. A este integra-se uma galeria com uma coleção diversificada onde se destacam peças quinhentistas, bem como, um valioso espólio de exemplares de temática religiosa.

O circuito apresenta as características arquitetónicas dos edifícios conventuais de outros tempos, a diversidade de espaços, as suas dinâmicas e funções, bem como, explora o modo de vida das Clarissas pertencentes ao ramo feminino da Ordem dos Frades Menores, fundada por São Francisco de Assis.

O Circuito História Natural apresenta uma coleção de base naturalista que foi o alicerce para a fundação do Museu. O circuito distribuído por oito salas expõe a diversidade, o exótico e o saber, onde são abordadas diferentes áreas do conhecimento científico, com destaque para zoologia, geologia, mineralogia, botânica.