A exposição de longa duração apresenta a vida e a produção artística de um dos maiores vultos da escultura açoriana e nacional da primeira metade do século XX. Dividida em núcleos temáticos que expõem a sua génese, formação, consagração internacional, bem como, o seu papel na criação de obras monumentais.

O Circuito História Natural apresenta uma coleção de base naturalista que foi o alicerce para a fundação do Museu. O circuito distribuído por oito salas expõe a diversidade, o exótico e o saber, onde são abordadas diferentes áreas do conhecimento científico, com destaque para zoologia, geologia, mineralogia, botânica.

A exposição é um tributo ao pintor Domingos Rebêlo enquanto figura central do panorama artístico açoriano do século XX. A exposição apresenta peças das diferentes fases da evolução da criação do pintor ao longo de quatro décadas, não só a produção de cunho regionalista mas, também, a caricatura, as artes gráficas, a ilustração e a cenografia.

As doações feitas ao Museu Carlos Machado nos últimos 10 anos foram o mote para o tema da mostra, que tem também, como objetivo homenagear os doadores, elogiando o ato de dar numa sociedade baseada na troca comercial, no lucro e no consumo.

O circuito apresenta as características arquitetónicas dos edifícios conventuais de outros tempos, a diversidade de espaços, as suas dinâmicas e funções, bem como, explora o modo de vida das Clarissas pertencentes ao ramo feminino da Ordem dos Frades Menores, fundada por São Francisco de Assis.

O circuito de Arte Sacra centra-se na antiga Igreja do Colégio, onde a exuberante fachada, a resplandecência do retábulo do altar-mor, bem como, a coleção de azulejos setecentistas assumem-se como um todo, num monumento ímpar de criação barroca. A este integra-se uma galeria com uma coleção diversificada onde se destacam peças quinhentistas, bem como, um valioso espólio de exemplares de temática religiosa.